咖啡店 软件基因˚F爱米莉Ë旋涡的Çomputational一nalysis CAFE的目的是通过解释系统进化史并为进化推论提供统计基础的方式来分析基因家族大小的变化。 该程序使用生与死过程来模拟用户指定的系统发育树中的基因得失。 在此模型下生成的家庭规模分布可为评估观察到的分类单元之间家庭规模差异的重要性提供基础。 到 CAFE v4.2.1是CAFE应用程序常规发行版中的最新版本。 该手册和各种教程可以在网站（ ）上查看。 本文档介绍了如何下载和使用CAFE v4.2.1。 用 CAFE v4.2.1的必要输入是： 一个数据文件，包含系统发育树中包含的分类单元的基因家族大小 Newick格式的系统发育树，包括分支长度 根据以上输入，CAFE v4.2.1将计算： 整个树上或树中用户指定的分支子集上的生死参数λ的最大似然值λ（或单独的生死参数（分别为λ和μ）） 系统发育树中

TreeTime：最大似然定年和祖先序列推断 概述 TreeTime提供了用于祖先序列重建和分子钟系统发生学推论的例程，即一棵树，其中所有分支都按比例缩放，使得末端节点的位置对应于其采样时间，内部节点位于最可能的发散时间。 为了优化时间尺度系统发育的可能性，TreeTime使用一种迭代方法，该方法首先根据给定的树的分支长度来推断祖先序列，然后优化时间轴上不受约束的节点的位置，然后重复此循环。 唯一的拓扑优化是（可选）解析多面体的方式，这种方式与树上的采样时间约束最（近似）一致。 该软件包旨在用作命令行上的独立工具，或用作较大的系统发育分析工作流程中使用的库。 。 除了脚本TreeTime或经由命令行使用它，也有在一个小型Web服务器 。 看看我们的和。 特征 祖先序列重建（边缘和联合最大似然） 分子时钟树推论（边际和联合最大似然） GTR模型的推论 重生以最大化时间信号并优化根尖

msprime msprime是一个Python API和命令行界面，用于基于重组模拟合并。 请参阅以获取更多信息和。 如果您想帮助使msprime更好，请参阅以开始使用。 如果您正在寻求有关特定问题的帮助，或者想向其他msprime用户提出问题，请发送电子邮件至。 通过在邮件列表中提问，您可以帮助建立可搜索的知识库。 我们目前正在努力开发1.0版本，问题的路线图在。 如果您在工作中使用msprime ，请引用论文。 有关完整的引文详细信息，请参见。

多对象单细胞反卷积（MuSiC） MuSiC是一种反卷积方法，它利用跨学科的scRNA-seq来估计大量RNA-seq数据中的细胞类型比例。 如何引用MuSiC 请引用以下出版物： 具有多对象单细胞表达参考的大体积组织细胞类型反卷积X.Wang，J.Park，K.Susztak，NRNR Zhang，M.Li 自然通讯。 2019年1月22日 安装 # install devtools if necessary install.packages( ' devtools ' ) # install the MuSiC package devtools :: install_github( ' xuranw/MuSiC ' ) # load library( MuSiC ) 更多信息 请参阅。

R中的种群遗传学和基因组学 Niklaus J.Grünwald，Zhian N. Kamvar，悉尼E. Everhart，Brian J. Knaus和Javier F. Tabima 欢迎！ 该引物为在R中进行种群遗传数据的应用分析提供了简要的介绍，特别着重于非模型种群，包括克隆或部分克隆的生物。 它提供了宝贵的资源，可用于对不一定符合教科书遗传学且可能或可能不会处于Hardy-Weinberg平衡状态的人群进行精确的分析。 尽管此入门知识不需要R编程方面的广泛知识，但希望用户安装R和该入门知识所需的所有软件包。 我们最近对引物进行了实质性的修改，以包括种群基因组数据，即VCF数据，该数据是通过对完整或缩减代表性基因组的种群进行高通量测序而得出的。 请注意，本入门手册仍在编写中，并将在我们继续编写时对其进行更改。 请向我们提供有关您可能发现的任何错误或改进建议的反馈。 底漆目

Poppr版本2 什么是poppr ？ Poppr是一个R软件包，用于分析具有性和克隆繁殖混合模式的人群。 它围绕genind和genlight对象的框架构建，并提供以下实现： 在层次结构的多个级别中的任何一个级别上对人口进行克隆检查 方便的多基因座基因型计数和具有多个层次结构的种群子集 定义多基因座基因型 基因型多样性，均匀性，丰富性和稀疏性指标的计算 引导距离支持遗传距离的树状图的绘制 遗传距离的最小跨度网络图 关联指数的计算（ ） 或者 （ ） 已安装R（≥2.15.1）的任何服务器上的批处理 微卫星（SSR）标记的Bruvo距离的计算（以C表示为速度） 从导入数据并导出到 2.0版的新功能： 基因组SNP数据处理 自定义多基因座基因型定义 通过遗传距离折叠多基因座谱系 计算网状最小跨度网络 计算跨snps的滑动窗口中的关联索引 MLG多样性统计的自举 和更多！ 有关完整

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GeneticSudoku：解决数独游戏的遗传算法

DeepLab直播！ 软件开发工具包 该软件包包含用于具有最少（软件）依赖性的实时应用程序的推理管道。 因此，安装尽可能容易（尤其是在非典型系统（如）上）。 性能：如果要查看在给定不同视频大小，神经网络类型和硬件的情况下模型应如何执行的估算，请参阅： : 如果您使用的是其他硬件，也请考虑提交结果！ https://github.com/DeepLabCut/DLC-inferencespeed-benchmark 该SDK提供的功能：该软件包提供了DLCLive类，该类使在线姿势估计能够提供反馈。 该对象将加载并准备DeepLabCut网络以进行推理，并将返回单个图像的预测姿势。 为了对姿势进行处理（例如，根据动物的当前姿势预测动物的未来姿势，或触发外部硬件，例如将TTL脉冲发送到激光器以进行光遗传学刺激），该对象将加入Processor对象。 处理器对象必须包含两种方法：处