蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列，来比较蛋白质的结构，拟合两蛋白结构距离的分布后，利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有：利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量；结构距离服从参数为μ=94.769 7，σ=41.583 7，ξ=0.192 5的广义的极值分布；和其他结构比对算法相比，该算法比CTSS的搜索结果要好。
2022-01-27 10:14:19
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GAT_蛋白质组学
GAT进行蛋白质组学网络分类
工作流程
先决条件
用户需要安装python（ ）和一些python软件包：
[火炬]
[dgl]
[numpy]
[熊猫]
[networkx]
[matplotlib]
数据准备和模型训练
将网络/一组网络的边缘文件，节点特征文件和标签文件添加到文件夹“数据”中。
对于图分类，需要一组图。
运行python脚本“ graph_classification.py”来训练和验证GAT模型。 训练有素的模型将存储在“模型”文件夹中。
python graph_classification.py根edge.file node.feature.file graph.label
运行python脚本“ graph_evaluation.py.py”以使用经过训练的模型对其他数据集进行预测。
python graph_evaluat
2022-01-20 19:57:32
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