微生物组：微生物组R包

功率谱密度函数 MATLAB代码帧差异 该项目最初是 Paxton 和 Dale (2012) 中帧差分 Matlab 代码的简单 R 翻译。 此外，我们还添加了一些辅助功能，用于使用非常简单的 ffmpeg 包装功能将视频文件拆分为 jpeg。 我们可能会在未来为 ffmpeg 添加额外的功能，但目前该功能的唯一目的是为用户定义的采样率提取视频帧。 在当前形式下，它还可以仅提取关键帧。 还有一个用于根据频率和周期估计和绘制功率谱密度的函数。 这对于研究帧差分输出的频率内容可能很有用。 安装 devtools::install_github('') 附加安装说明 使用 ffpmeg 功能需要安装 ffmpeg 并可通过命令行访问。

暹罗猫 概述 SIAMCAT是用于对微生物群落与宿主表型之间的关联进行统计推断的管道。 分析微生物组数据的主要目标是确定与环境因素相关的群落组成的变化。 特别地，将人类微生物组组成与诸如疾病等宿主表型联系起来已经成为研究的热点。 为此，迫切需要强大的统计建模和生物标志物提取工具套件。 SIAMCAT提供了支持数据预处理，统计关联测试，统计建模（LASSO Logistic回归）的完整管道，其中包括用于评估和解释这些模型的工具（例如交叉验证，参数选择，ROC分析和诊断模型图）。 SIAMCAT是开发的，是托管的计算微生物组分析工具套件的一部分。 从SIAMCAT开始 安装 为了开始使用SIAMCAT ，您需要从Bioconductor安装它： if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install

性别猜测者 这是一个R包，用于使用 API来猜测名称的性别。 已经有一个非常好的包（在CRAN上），但它缺少我想要的功能，因此编写我自己的代码比分叉该项目更有意义。 要使用它，请调用带有（名字）名字的字符向量的guessGender 。 您可以选择将语言代码或国家/地区代码（之一）传递给精细的结果。 如果您已通过购买了API密钥，则也可以通过。 例子 使用devtools软件包安装GenderGuesser library( " devtools " ) install_github( " eamoncaddigan/GenderGuesser " ) 用一个或多个名称调用guessGender将返回一个data.frame 。 library( " GenderGuesser " ) guessGender(c( " Liam " , " Natalie " , " Eamon

HYPEtools:用于处理HYPE水文模型文件的R包

动态危害 动态危害的目标是估计生存分析中的时变效应。 时变效应是通过状态空间模型估算的，其中状态系数遵循给定的随机游动。 使用状态空间模型的优势在于，您可以推断出最近观察到的时间段以外的时间。 有关更多详细信息，请参见ddhazard小插图。 。 粒子滤波和更平滑的方法可以比随机游走模型估计更通用的模型。 有关一些示例，请参见目录。 安装 您可以使用以下命令从github安装dynamichazard： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " boennecd/dynamichazard " ) 您还可以通过调用以下命令从CRAN下载该软件包： install.packages( " dynamichazard " ) 示例-ddhazard 我将使用JMbayes软件包中的aids数据集。 数据集

qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图

天气 该软件包包含一组功能，可以从NOAA ISD气象站下载，转换和绘制数据。 例如，您可能想要： 查找到城市的k最近站，或可通过Google地图找到的任何其他位置 绘制任何位置的测站和参考点 将所有k最近站数据下载到给定位置数年 选择具有最佳数据的测站到给定位置，然后对缺失的观测值进行插值 通过GitHub安装 require(devtools) install_github("mpiccirilli/weatheR") require(weatheR) 气象站清单 电台列表将在station.list名称下调用。 另一种方法是使用该函数来调用数据。 data(stations) # or station.list <- allStations() 现在，我们可以创建一个要下载天气数据的城市向量。 为了按城市搜索电台，我们需要使用以下格式：“城市，国家”或“城市，州”。 c

R 的辅助数据 项目提供了大量关于发展融资的信息。 他们数据库的核心是关于发展援助转移的项目级信息。 R的aiddata包简化了直接从R控制台访问该数据库的过程。 要了解有关数据库中包含哪些捐助者的更多信息，请访问。 反馈 我很想得到您对包裹的反馈/评论/投诉。 我正在跟踪所有错误和建议，因此如果您有任何想法，请随时打开一个新问题。 安装 aiddata数据尚未（尚未）在 CRAN 上发布。 它需要直接从 GitHub 安装，使用devtools ： install.packages("devtools") library(devtools) install_github("felixhaass/aiddata", dependencies = TRUE) library(aiddata) 概述 aiddata是一组封装在函数周围的函数，用于从访问和下载数据。 主要功能是： ge

“ RMAT”包 （注意：此程序包很容易开发。语法在不断优化，并且经常重命名。） 开发RMAT软件包是为了模拟各种类型的常见随机矩阵及其合奏。 其主要功能包括： 模拟各种随机矩阵 模拟这些随机矩阵的合奏 可视化这些矩阵集合的特征值谱 包括的矩阵是： 普通矩阵 b = 1,2,4的Beta合奏 b> 0的广义Beta集合 随机矩阵 参数稀疏性的随机矩阵 三对角矩阵 带矩阵 对于某些矩阵，相关函数中包含自由参数： 实值/复值条目 对称/ Hermitian矩阵